Ich packs mal in einen Spoiler, aber eigentlich nur deine Frage beantwortet.
Jeder geschaffter Boss bildet praktisch betrachtet einen Checkpoint. Ist der geschafft, bekommt man einen Shortcut ins nächste Biom. Zum Start des folgenden Bioms wartet auch immer ein Booster auf dich, der dein Waffenlevel auf ein angemessenes Maß anhebt - so ist das Farmen der Vorwelt nicht zwingend notwendig. Je nachdem wie schwer du dich tust, macht es natürlich trotzdem Sinn sich zuvor mit ein paar Items einzudecken.
Ab Biom 4 gibt es nochmals einen harten Checkpoint, ab dann startet der Zyklus dort und nicht mehr in B1-B3. Nachdem durchspielen kann man in die alten aber wieder zurück. Zu diesem Zeitpunkt kommen weitere "softe" Checkpoints hinzu. Um die Boss Tür in B4 zu öffnen braucht es 2 Schlüssel. Hast du die ergattert -> Checkpoint. Danach B4 Boss gekillt? Checkpoint. Selbes Spiel mit B5 (3 Schlüssel) und B6 (1 Schlüssel).
Wenn du richtig gut bist, kannst du B1-B6 im ersten Anlauf in 4-6std. durchspielen, wenn man das Spiel sehr gut kennt in ~2std. Ist aber absolut nicht "normal" oder erwartet und wird nur den wenigsten vorbehalten bleiben. Als Neuspieler halte ich 1-2std. für 1 Biom realistisch, Fails/Neustarts addieren sich logischerweise hinzu. Der Drang nach einer Save&Quit Option zeigt sich eigentlich erst dann besonders, wenn man 1 Biom geschafft hat und durchaus noch gut im Futter wäre um effektiv weiter zu machen. Aber dann haperst gerne mit der Zeit oder man ist erstmal vom anstrengenden Vorgewitter "ausgelaugt" und eine Pause sinnvoll.